Realizado por Gearbox Software y lanzado originariamente en 2001 como un expansión para Half-Life, Blue Shift es la vuelta a las Instalaciones de Investigación Black Mesa en el cual usted jugará como Barney Calhoun, el guardia de seguridad que ayudó a Gordon en varias situaciones peliagudas.
En este juego nuevamente viviremos el accidente de Freeman, pero con la diferencia de que esta vez no seremos el héroe (Half-Life) ni el villano (Opposing Force), sino que estaremos justo en el centro de ambos bandos. El juego nos convierte en uno de los muchos guardias de seguridad de Black Mesa, Barney Calhoun, quien vive al mismo tiempo que Gordon Freeman el incidente de Black Mesa, pero en otros momentos y lugares .
Barney Calhoun es responsable de la preservación del equipo y materiales del sector 3, además del bienestar del personal de investigación en un sector subterráneo cavernoso de Black Mesa. A la hora de la cascada de la resonancia, Calhoun queda atrapado en un elevador con dos científicos. Él despierta en el fondo del eje de elevación, y pronto se encuentra luchando en áreas subterráneas para alcanzar la superficie y escapar. Calhoun rescata a algunos científicos que se han trabado en coches ferroviarios en Black Mesa. Uno de los científicos, el Dr. Rosenberg (quien es también un personaje en Half-Life:Decay), advierte a Calhoun de que el complejo ha sido rodeado por los infantes de marina, mandados a matar a todo el personal de investigación del Black Mesa. La única manera de escaparse, explica Rosenberg , es utilizar un viejo prototipo del teletransportador de una antigua parte de Black Mesa, temporalmente abandonada, donde algunos de los más antiguos miembros del Staff de Black Mesa intentaba ya utilizarlo; con él pueden alcanzar una salida de Black Mesa que ha sido pasada por alto por los infantes de marina. Calhoun, Rosenberg y otros dos científicos (Walter Bennet y Simmons) intentan arreglar el teletransportador. Calhoun lucha con infantes de marina y extraterrestres, mientras que los tres científicos huyen. Finalmente Calhoun vuelve con seguridad a la salida de la Black Mesa con los tres científicos. Es interesante observar que aparte del decay de PlayStation 2, el blue shift es discutiblemente el único juego basado en HL con una “conclusión feliz”.
En varias partes del juego nos encontraremos con Gordon Freeman, al cual manejábamos en Half-Life.
En el final de Half-Life, G-Man recluta a Freeman, y también detiene a Adrian Shephard en Opposing Force, para asegurar su silencio. Sin embargo, en Blue Shift, Barney y los tres científicos escapan de Black Mesa y G-Man no aparece, que hace pensar que él los juzga demasiado insignificantes como para supervisar.